Αναφορικά με την προέλευση των κηλίδων αυτού του είδους μπορεί να σχετίζονται ποικίλα αίτια. Η αξιολόγησή τους απαιτεί προσεκτικό ιστορικό του ασθενή, ενδελεχή κλινική εξέταση και συνήθως βιοψία και ιστοπαθολογική εξέταση, με εξαίρεση περιπτώσεις όπου η κλινική εικόνα και το ιστορικό οδηγούν σχεδόν σε βεβαιότητα περί της αθώας φύσης της βλάβης.
Η λεπτομερής ανάλυση των δυσχρωμικών αλλοιώσεων ξεπερνά τους σκοπούς της σύντομης αυτής περιγραφής. Σε γενικά πλαίσια το ακριβές χρώμα, η τοποθεσία, η κατανομή, η διάρκεια, η αλλαγή μεγέθους, χρώματος ή των περιφερικών ορίων, η χρήση φαρμάκων, το οικογενειακό ιστορικό είναι σημαντικά στοιχεία που θα ωθήσουν τη σκέψη προς τη σωστή διάγνωση.
Πολλές φορές οι χρώσεις αυτού του τύπου μπορεί να θεωρηθούν φυσιολογικές, στα πλαίσια της φυλετικής μελάγχρωσης ενώ άλλα συνήθη αίτια περιλαμβάνουν τη μελάγχρωση των καπνιστών και δυσχρωμίες που αποδίδονται σε συνήθη οδοντιατρικά υλικά όπως το αμάλγαμα και οι κώνοι αργύρου. Μεταξύ άλλων αιτιών περιλαμβάνεται μια σχετικά μεγάλη κατηγορία φαρμάκων που λαμβάνονται σε χρόνια βάση μπορεί να ενοχοποιείται για την ανάπτυξη μελανωτικών φαιών κηλίδων στο στόμα όσο και νεοπλάσματα με τη μορφή σπίλου, μιας καλοήθους εξεργασίας και σπανιότερα μελανώματος, κακοήθους δηλαδή νοσήματος. Τέλος υπάρχουν συστηματικές παθολογικές καταστάσεις και σύνδρομα όσο και αγγειακής φύσης βλάβης που ο Στοματολόγος πρέπει να έχει υπόψη του στην διερεύνηση δυσχρωμικών κηλίδων του στόματος.
