Ποικίλα στελέχη του συγκεκριμένου ιού θεωρούνται επίσης υπαίτια για μια πλειάδα καλοηθών βλαβών του στόματος όπως το θήλωμα, η κοινή μυρμηκιά, το οξυτενές κονδύλωμα και η εστιακή επιθηλιακή υπερπλασία όσο και με τον HPV + καρκίνο του στοματοφάρυγγα. Τα τελευταία χρόνια ογκογόνα στελέχη HPV έχουν τεκμηριωμένα αιτιολογική σχέση με καρκίνους που αναπτύσσονται στη βάση της γλώσσας, τις αμυγδαλές και τον στοματοφάρυγγα, καθιστώντας την HPV λοίμωξη ανεξάρτητο παράγοντα κινδύνου γι’ αυτή την κατηγορία καρκίνων.
Τα στοιχεία δείχνουν ότι ο HPV στο στόμα μεταδίδεται κυρίως με στοματογεννητική σεξουαλική επαφή, με τον κίνδυνο μόλυνσης να αυξάνεται με την αύξηση του αριθμού των σεξουαλικών συντρόφων. Το κάπνισμα και το αλκοόλ φαίνεται να σχετίζεται επίσης με αυξημένο κίνδυνο εμφάνισης τέτοιου είδους βλαβών.
Οι HPV βλάβες είναι ασυμπτωματικές και συνήθως ανακαλύπτονται τυχαία κατά την επισκόπηση του στόματος από τον ασθενή ή τον Οδοντίατρο. Ωστόσο με την πάροδο του χρόνου οι αλλοιώσεις αυτές ενδέχεται λόγω αύξησης του μεγέθους να γίνουν αντιληπτές από τον ασθενή. Σε γενικά πλαίσια τα ογκίδια αυτά, μεμονωμένα ή συρρέοντα έχουν εξωφυτική θηλωματώδη επιφάνεια και όψη κουνουπιδιού. Στην περίπτωση του καρκίνου του στοματοφάρυγγα ο ασθενής λόγω εντόπισης της βλάβης στο οπίσθιο τμήμα του στόματος δύσκολα θα παρατηρήσει οπτικά την αλλοίωση, ωστόσο παραπονείται για δυσκολία στην κατάποση, πιθανή διόγκωση αμυγδαλής ή τραχηλικών λεμφαδένων, πονόλαιμο, βράχος φωνής και επίμονο βήχα.
Θεραπευτικά οι καλοήθεις βλάβες αντιμετωπίζονται με κλασική χειρουργική εξαίρεση με νυστέρι. Είναι σωστό να ακολουθήσει τακτικός επανέλεγχος του ασθενή για κάποιο διάστημα προκειμένου να αποκλεισθεί η πιθανότητα εμφάνισης μιας βλάβης που αρχικά ήταν αδιάκριτη λόγω απειροελάχιστου μεγέθους όσο και ο αποκλεισμός πιθανής επαναμόλυνσης από τον σύντροφο.